16S/18S/ITS扩增子测序

宏基因组测序服务16SrDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟,其序列包含9个可变区(Variable region)和10个保守区(constant region)。可变区因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。18S rDN


宏基因组测序服务

16SrDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟,其序列包含9个可变区(Variable region)和10个保守区(constant region)。可变区因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。


18S rDNA或ITS(Internal Transcribed Spacer)被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种及以上阶元的分类;ITS属于中度保守区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。


服务优势
  • 测序准确性高: DNBSEQ平台滚环扩增构建DNB测序文库,扩增错误不会累积;

  • Duplication率低:同样数据量有效数据多出3%-17%;

  • 无index hopping担忧:DNBSEQ平台无index hopping担忧,结果更可靠。


技术参数
常见环境样本(请使用干冰或冰袋运送)
  • 环境样本:土壤5-10 g,污泥/沉积物5-10 g,水体-滤膜过滤至有可见覆盖物,粪便3-5 g,血液10 mL;

  • DNA:总量 ≥ 1 μg,浓度 ≥ 10 ng/μL,OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染


文献案例

本文利用 16S V4 测序研究了低纤维饮食和高纤维饮食的小鼠肠道微生物,研究发现低纤维饮食的小鼠肠道微生物群落丰富度较低,且转换为高纤维饮食后,仍有约 1/3 的菌种不能完全恢复,证实了饮食可以改变肠道微生物菌群。


另一方面,本文利用低纤维饮食小鼠进行繁殖,而后将亲代小鼠转为高纤维饮食,子代以同样的方式繁殖,共繁殖 4 代;对照组则一直给予高纤维饮食。研究发现低纤维饮食小鼠子代肠道细菌多样性逐渐下降,第 4 代时,几乎丢失了 3/4 的物种,且 2/3 以上的第一代祖先肠道中鉴别出来的菌种被证实不能恢复;同时发现低纤维饮食培育的小鼠,转换为高纤维饮食后,肠道菌群多样性仍然较对照组低,证实了低纤维饮食对肠道微生物具有世代影响。


肠道微生物依赖于膳食纤维,随着纤维摄入量的减少,在肠道中生存的菌群也会减少,进行引发与微生物相关联的疾病的发生,本文证实了合理膳食的重要性。


图片关键词



参考文献:

Sonnenburg E D, Smits S A, Tikhonov M, et al. Diet-induced extinctions in the gut microbiota compound over generations[J]. Nature, 2016, 529(7585): 212-215.




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