宏基因组测序

宏基因组测序服务宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序,分析特定环境中微生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度,进而分析微生物与环境、微生物与宿主之间的关系,发现具有特定功能的基因。服务优势测序准确性高: DNBSEQ平台滚环扩增构建DNB测序文库,扩增错误不会累积;Duplication率低:同样数据量有效数据多出3%-17%;无index hopping担忧:DNBSEQ平台无i


宏基因组测序服务

宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序,分析特定环境中微生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度,进而分析微生物与环境、微生物与宿主之间的关系,发现具有特定功能的基因。


服务优势
  • 测序准确性高: DNBSEQ平台滚环扩增构建DNB测序文库,扩增错误不会累积;

  • Duplication率低:同样数据量有效数据多出3%-17%;

  • 无index hopping担忧:DNBSEQ平台无index hopping担忧,结果更可靠。


技术参数

常见环境样本(请使用干冰或冰袋运送)
  • 土壤、淤泥、沉积物≥ 3g;粪便≥ 2g;组织样本≥ 1g

  • 水体送样为过滤后的滤膜(最适滤膜直径 3-4 cm)≥ 2 张

  • 拭子样本≥ 10 个


DNA 样本(请使用干冰或冰袋运送)
  • 样品浓度 ≥ 12.5ng/μl

  • 样品总量 ≥ 1μg

  • OD260/280:1.8~2.0,无 RNA、蛋白质等杂质污染


文库样本送样建议

1.对于一般文库,要求初始ssDNA浓度 ≥2 fmol/μL,每个 DNB制备体系所需文库量为 60 fmol。对于 illumina转化文库,要求初始ssDNA浓度 ≥3 fmol/μL,每个 DNB制备体系所需文库量为 70 fmol。T7包芯片的话要求可以制备5管DNB的ssDNA用量。


2. 文库插入片范围在100-500 bp,同时主带集中在±100bp内。


3. illumina双链DNA文库要求总量>150ng,浓度>3ng/μL。


测序策略测序深度
SE50(病原微生物);PE150测序

简单环境(哺乳动物肠道等)建议不低于5Gb/样本;复杂环境(土壤、海洋等)建议不低于10Gb/样本


文献案例

2019年12月下旬,武汉暴发新型冠状病毒(2019-nCoV),通过DNBSEQ-T7对9例住院患者的支气管肺泡灌洗液标本和培养出的10株分离株进行下一代测序,获得了2019年-nCoV的完整基因组序列。研究发现2019-nCoV与来自舟山的两种蝙来源的冠状病毒BAT-SL-CoVZC45和BAT-SL-CoVZXC21关系密切,同源性为88%,而与SARS-CoV(约79%)和MERS-CoV(约50%)的亲缘关系较远。


图片关键词


参考文献:

Lu Roujian,Zhao Xiang,Li Juan et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding.[J] .Lancet, 2020, 395: 565-574.



联系方式

热线:400-997-5889


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