单细胞基因组测序

全外显子测序服务随着现代生物学的发展,基于细胞群体的研究已无法解决细胞异质性的难题。单细胞测序通过对单个细胞进行基因组或转录组测序,解决了 1)用组织样本无法获得不同单个细胞的异质性信息、2)样本量太少无法进行常规测序的难题,为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向。目前,单细胞测序主要涉及全基因组 DNA、外显子、mRNA 以及 lincRNA(同时获得 lincRNA


单细胞基因组测序

随着现代生物学的发展,基于细胞群体的研究已无法解决细胞异质性的难题。单细胞测序通过对单个细胞进行基因组或转录组测序,解决了 1)用组织样本无法获得不同单个细胞的异质性信息、2)样本量太少无法进行常规测序的难题,为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向。目前,单细胞测序主要涉及全基因组 DNA、外显子、mRNA 以及 lincRNA(同时获得 lincRNA 和 mRNA 的序列和表达信息)四个方面。


技术参数
文库样本送样建议

目前仅接收文库样本


测序平台推荐数据量

PE100或PE150

针对大批量细胞的测序,可以进行低深度浅覆盖测序;对于细胞之间亲缘关系较大的,可以适量增加测序深度;针对小规模细胞测序,研究功能性变化的,可参考常规全基因组重测序/外显子组测序/目标区域测序的测序深度;其余个性化研究目的,测序深度视不同的研究目的可适度调整。


文献案例

我们使用相同的单细胞库,比较了Illumina NextSeq 500和NovaSeq 6000与BGI MG-ISEQ-2000平台的性能。结果证明了MGISEQ-2000和NovaSeq 6000在测序质量检测方面具有可比性。基于相同的指标,NextSeq 500的性能也与MGISEQ-2000相近。两个测序平台生成的数据对于一般的单细胞分析产生的分析结果相似。使用NextSeq 500,在相等的读取深度下,BGI平台的性能始终更好,可以识别更多的细胞,基因和UMI。这项研究为高通量单细胞RNA测序提供了基准。


图层 562.png

参考文献:

Anne S , Stacey A , Qianyu S , et al. Comparative performance of the BGI and Illumina sequencing technology for single-cell RNA-sequencing[J]. NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 2, Issue 2, June 2020, lqaa034, https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa034



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